故事产生在被天空之壁分为三区块的《幪面超人BUILD》的世界，居然呈现了《幪面超人EX-AID》世界的仇敌怪人崩源体：为什么不应呈现在这的仇敌会来到这世界？面临神秘仇敌而毫无应对方式的战兔，一个身体半边被金属笼盖的神神秘汉子呈现在他面前。自称科学家的汉子启动了庞大的机械，上空竟呈现了倒立的另外一个世界。另外一边，EX-AID的世界也产生一样的状态。有天空之壁的世界正逐步的坠落到 EX-AID的世界，间隔两个世界冲突碰撞的时候还剩下24小时。世界末日的倒数起头…！面临史无前例的危机，能解救人类的只有那群兵士。超出前作的范围，前所未见的动作排场，不应有交集的英雄们终究相遇。谜团重重的故事行将解开——